執筆：弁護士・社会保険労務士 中野秀俊（一般社団法人SES事業適正化協会 代表理事）
「10月から控除が50%に減るから、免税のフリーランスには単価を下げてもらおう」――その前提は、もう古くなっています。しかも、やり方を誤ると取適法やフリーランス法の違反になります。
インボイス制度が始まった2023年10月から、インボイスを発行できない免税事業者からの仕入れについては、消費税の80%を控除できる経過措置が設けられてきました。当初の予定では、この割合は2026年10月から50%に下がるはずでした。ところが2026年度（令和8年度）の税制改正で、2026年10月からは70%とされ、その後も段階的に縮小しながら2031年9月まで延長されることになりました。
免税事業者のフリーランスエンジニアや協力会社を多く使うSES会社にとって、これは単価の見直しにかかわる大きな話です。本記事では、SES事業者の契約と労務を支援してきた弁護士・社労士の立場から、改正の正確な内容、自社の消費税コストの試算方法、そして単価を見直すときに許されること・違法になることを解説します。
| この記事の結論 ・免税事業者からの仕入れの控除割合は、2026年10月〜2028年9月は70%、2028年10月〜2030年9月は50%、2030年10月〜2031年9月は30%です。「10月から50%」は改正前の古い情報です。 ・80%から70%への変更で増える負担は、単価のおよそ1%程度です。「消費税分の10%を下げる」のは、増えた負担を大きく超える「便乗値下げ」になり得ます。 ・自社が簡易課税や2割特例を使っている場合は、相手が免税事業者でも負担は増えません。値下げを求める理由そのものがありません。 ・単価の見直しは、一方的な通告ではなく協議で行うのが大原則です。発注済みの業務の報酬を後から減らすことは、フリーランス法・取適法の「減額」として違反になります。 ・逆に、インボイス登録をしたフリーランスは2027年から税負担が増えるため、値上げを求められる側にもなります。協議を無視すると取適法違反になり得ます。 |
1．2026年度税制改正で何が変わったのか
免税事業者からの仕入れの控除割合
インボイス（適格請求書）を発行できない免税事業者に支払った代金に含まれる消費税は、原則として控除できません。ただし、制度の急な影響を和らげるため、一定割合を控除できる経過措置が設けられています。2026年度の税制改正で、そのスケジュールが次のように見直されました。
| 期間 | 改正前 | 改正後 |
| 2023年10月〜2026年9月 | 80% | 80% |
| 2026年10月〜2028年9月 | 50%（〜2029年9月） | 70% |
| 2028年10月〜2030年9月 | 控除不可 | 50% |
| 2030年10月〜2031年9月 | 控除不可 | 30% |
| 2031年10月〜 | 控除不可 | 控除不可 |
1つの免税事業者あたりの上限は「1億円」に
あわせて、経過措置を使える仕入れの上限も引き下げられました。2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、1つの免税事業者からの年間の仕入れ（税込み）が1億円を超える部分については、経過措置が使えません（改正前は10億円）。
個人のフリーランス1人への発注で1億円を超えることは通常ありませんが、SESでは注意したい場面があります。設立して間もない協力会社は、資本金や売上の条件によっては、年間の売上が大きくても免税事業者のままでいることがあります。こうした協力会社に多くのエンジニアの稼働を発注している場合は、上限を超えないかを確認してください。
フリーランス側の「2割特例」も見直し
インボイス登録をきっかけに課税事業者になった小規模な事業者は、納める消費税を売上の消費税の2割にできる「2割特例」を使えました。この特例は、個人事業者は2026年分の申告までで終わります。2026年度の改正で、個人事業者に限り、2027年分と2028年分は納める税額を売上の消費税の3割にできる「3割特例」が新設されました（法人は対象外です）。
つまり、インボイス登録をしているフリーランスエンジニアは、2027年から税負担が増えます。SES会社は、免税事業者には「値下げを求める側」、登録済みのフリーランスからは「値上げを求められる側」になる可能性がある、ということです。
2．自社の消費税コストを試算する
月単価80万円のフリーランス1人あたりの影響
免税事業者のフリーランスに月80万円を支払っている場合（80万円に消費税相当額が含まれているとして計算）、本来控除できるはずの消費税は約72,727円です。このうち控除できない額は、期間ごとに次のとおりです。
| 期間（控除割合） | 控除できない額（月） | 控除できない額（年） | 単価に対する割合 |
| 〜2026年9月（80%） | 約14,545円 | 約17.5万円 | 約1.8% |
| 2026年10月〜2028年9月（70%） | 約21,818円 | 約26.2万円 | 約2.7% |
| 2028年10月〜2030年9月（50%） | 約36,364円 | 約43.6万円 | 約4.5% |
| 2030年10月〜2031年9月（30%） | 約50,909円 | 約61.1万円 | 約6.4% |
| 2031年10月〜（控除不可） | 約72,727円 | 約87.3万円 | 約9.1% |
2026年10月の変更（80%→70%）で新たに増える負担は、月約7,273円、単価のおよそ0.9%にすぎません。改正前の情報（50%）で計算すると、増える負担を月約2万円多く見積もってしまいます。古い数字のまま単価の引下げを通知すれば、根拠のない値下げを求めることになりかねません。
なお、控除できない消費税は、会社の経費として扱われます。その分、法人税の負担が軽くなるため、実際の負担は表の金額よりさらに小さくなります。
そもそも負担が増えない会社もある
| 自社の消費税の計算方法 | 免税事業者への発注による影響 |
| 原則課税（本則課税） | 経過措置の割合に応じて、控除できない額が生じる |
| 簡易課税（2年前の売上が5,000万円以下の会社が選択できる） | 影響なし。売上にかかる消費税から一定割合（SESなどのサービス業は50%）を差し引く計算のため、相手が免税事業者かどうかは関係しない |
| 2割特例（インボイス登録で課税事業者になった小規模事業者。法人は2026年9月30日を含む課税期間まで） | 影響なし。売上にかかる消費税の2割を納める計算のため |
簡易課税を選んでいる小規模なSES会社が、「インボイスのせいで負担が増えた」と言って値下げを求めるのは、理由のない値下げの要求です。まずは顧問税理士に、自社がどの計算方法を使っているかを確認してください。
3．単価の見直しにかかわる法律
免税事業者との取引条件を見直すときは、次の3つの法律が関係します。財務省・公正取引委員会・経済産業省などは、連名で「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」を公表し、問題となる行為の考え方を示しています。
| 法律 | 対象となる場面 | インボイスに関連して問題となる行為 |
| フリーランス法 | 従業員を使用するSES会社が、従業員のいないフリーランス（個人・一人社長）に業務を委託する場合 | 1か月以上の業務委託では、報酬の減額、買いたたきなどが禁止される。取引条件の書面などでの明示も必要 |
| 取適法（改正下請法） | 一定の資本金・従業員数の基準を満たすSES会社が、小規模な協力会社・フリーランスに委託する場合 | 減額、買いたたき、協議に応じない一方的な代金決定（2026年1月から新設） |
| 独占禁止法 | 取引上の地位が優越している場合 | 優越的地位の濫用（相手に不当な不利益を与える取引条件の押しつけ） |
取適法では、資本金だけでなく従業員数の基準が加わり、プログラムの開発などは従業員300人超、それ以外の役務は100人超の会社が規制を受けます。資本金1,000万円以下のSES会社でも、エンジニアを多く雇用していれば対象になり得ます。
4．違法になりやすい単価の見直し方
公正取引委員会は2023年5月、経過措置で一定の控除が認められているにもかかわらず、免税事業者の取引先に対して「課税事業者にならなければ、消費税相当額を取引価格から引き下げる」と一方的に通告した発注事業者があったとして、注意を行ったことを公表しています。SES会社で起きやすいのは、次のようなケースです。
| よくある対応 | 問題となる理由 |
| 「来月から消費税分の10%を差し引きます」と一方的に通知する | 控除できない額（現在は単価の約2.7%）を大きく超える引下げは、買いたたき・優越的地位の濫用になり得る。協議をしない一方的な決定は、取適法の新しい禁止行為にも当たり得る |
| すでに稼働している月の報酬から、消費税相当額を差し引いて支払う | 発注後に報酬を減らすことは「減額」として違反になる。取適法では、相手が同意していても違反とされる |
| 「インボイス登録をしないなら契約を更新しない」と一方的に告げる | 登録を要請すること自体は問題ないが、応じなければ不利益を与えると一方的に通告することは問題となり得る |
| 相手の事情を聞かず、仕入れや経費にかかる消費税も払えないほど低い単価を決める | 免税事業者も、PCや通信費などの経費に消費税を支払っている。それを考慮しない価格設定は買いたたきになり得る |
| 相手から単価の維持を求められたのに、理由を説明せずに引き下げる | 理由を書面やメールで示さない引下げは、問題となる例として挙げられている |
| 注意：インボイス登録をしたフリーランスからの「値上げの申入れ」 ・2027年からは、登録済みのフリーランスの税負担が増えます（2割特例から3割特例へ。2029年以降は簡易課税などの計算になります）。 ・フリーランスから単価の見直しを求められたのに、無視する、先延ばしにする、形だけ協議して説明をしないといった対応は、取適法の「協議に応じない一方的な代金決定」に当たり得ます。 ・課税事業者に転換した取引先と、消費税分の転嫁について協議をせずに価格を据え置くことも、問題となる例として示されています。 |
5．適法に単価を見直す5つのステップ
- 自社の負担を正確に試算する：消費税の計算方法（原則課税・簡易課税・2割特例）を確認し、相手ごとに控除できない額を計算します。負担が生じないなら、見直しの理由はありません。
- 見直しの幅を、増えた負担の範囲にとどめる：引下げを求める場合も、控除できない額の範囲を目安にします。2026年10月の変更で増えたのは単価の約0.9%、経過措置全体でも現在は約2.7%です。
- 「通知」ではなく「提案と協議」の形にする：理由と計算の根拠を書面やメールで示し、相手の意見を聞きます。相手の経費の負担や、市場の単価も考慮します。協議の経緯は記録に残します。
- 次の契約期間から適用する：すでに発注した業務の報酬は変えません。合意した新しい単価は、次の個別契約から書面で明示します。
- 合意できない場合の対応も慎重に：取引先を選ぶこと自体は自由ですが、真摯な協議をせずに打ち切ることは問題となり得ます。6か月以上継続しているフリーランスとの契約を更新しない場合は、フリーランス法により原則として30日前までの予告が必要です。
契約書・発注書面で見直したい点
| 見直したい点 | 内容 |
| 報酬の表示 | 「月額80万円（税込）」なのか「月額80万円＋消費税相当額」なのかを明確にする。免税事業者への支払いで、消費税相当額を上乗せするかどうかもあいまいにしない |
| 登録状況の表明と変更の通知 | 適格請求書発行事業者の登録の有無を表明してもらい、登録・取消しがあれば通知する義務を定める |
| 単価の見直しの協議 | 税制や登録状況に変化があったときは、双方が協議して見直すことを定める（一方的に変更できる条項にはしない） |
| 請求書の記載 | 経過措置を使うために必要な記載事項（相手の氏名、取引の年月日、内容、金額など）がそろう請求書の様式にする |
6．チェックリスト
☐ 自社の消費税の計算方法（原則課税・簡易課税・2割特例）を確認した
☐ 免税事業者のフリーランス・協力会社の一覧と、相手ごとの年間の発注額を把握している
☐ 1つの免税事業者からの年間の仕入れが1億円を超えていないか確認した
☐ 単価の見直しを「通知」ではなく「提案と協議」の形で行い、経緯を記録している
☐ 見直しの幅が、控除できない額の範囲にとどまっている
☐ すでに発注した業務の報酬を、後から減らしていない
☐ 登録済みのフリーランスからの値上げの申入れを受け付け、回答する仕組みがある
☐ 契約書・発注書面で、報酬の税込・税抜の表示と、登録状況の通知を定めている
| 中野弁護士の視点（元IT企業経営者として） IT企業を経営していた立場から言えば、コストが上がれば取引条件を見直したくなるのは当然です。ただ、SES会社の利益の源泉はエンジニアです。月数千円の負担を理由に一方的な値下げを通知すれば、そのエンジニアは単価の高い他社の案件に移っていきます。 月7,000円を惜しんで、月80万円の稼働を失うのは、経営として割に合いません。 インボイスの問題は、税金の計算だけでなく、エンジニアとの関係をどう築くかの問題でもあります。正確な数字を示して誠実に協議する会社は、フリーランスから「選ばれる発注元」になります。今回の見直しは、契約書と発注の仕組みを整え直すよい機会だと考えています。 |
7．よくある質問
Q. 2026年10月から、免税事業者からの仕入れはどこまで控除できますか？
A. 2026年10月から2028年9月までは70%を控除できます。その後、2028年10月から2030年9月までは50%、2030年10月から2031年9月までは30%となり、2031年10月以降は控除できなくなります。改正前に予定されていた「2026年10月から50%」ではありません。
Q. 免税事業者のフリーランスに、消費税分の10%の値下げを求めてもよいですか？
A. 問題となるおそれがあります。2026年10月以降に控除できない額は単価の約2.7%で、80%から70%への変更で増えた負担は約0.9%です。これを大きく超える引下げは、買いたたきや優越的地位の濫用に当たり得ます。見直す場合も、一方的な通知ではなく協議で行う必要があります。
Q. すでに稼働した月の報酬から、消費税相当額を差し引いて支払ってもよいですか？
A. できません。発注後に報酬を減らすことは、フリーランス法や取適法の「減額」として禁止されています。取適法では、相手が同意していても違反になります。見直しは次の契約期間から行います。
Q. フリーランスにインボイス登録を求めることは違法ですか？
A. 登録を要請すること自体は問題ありません。ただし、「登録しなければ単価を下げる」「登録しなければ契約を打ち切る」と一方的に通告することは、問題となるおそれがあります。
Q. 簡易課税を選んでいるSES会社にも影響はありますか？
A. 影響はありません。簡易課税は、売上にかかる消費税から一定割合を差し引いて納税額を計算するため、発注先が免税事業者かどうかは関係しません。2割特例を使っている場合も同様です。
Q. インボイス登録をしたフリーランスから値上げを求められたら、応じなければなりませんか？
A. 必ず応じる義務まではありませんが、協議には誠実に応じる必要があります。求めを無視したり、説明をしないまま単価を据え置いたりすると、取適法の「協議に応じない一方的な代金決定」や優越的地位の濫用に当たり得ます。
Q. 3割特例とは何ですか？
A. インボイス登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった個人事業者が、2027年分と2028年分の申告で、納める消費税を売上にかかる消費税の3割にできる制度です。2026年分までの2割特例に続く措置で、法人は対象外です。
まとめ
- 2026年度の税制改正で、免税事業者からの仕入れの控除割合は、2026年10月から70%とされ、2031年9月まで段階的に延長されました。
- 1つの免税事業者からの年間の仕入れが1億円を超える部分は、経過措置の対象外になりました。
- 80%から70%への変更で増える負担は単価の約0.9%です。簡易課税や2割特例の会社は、そもそも負担が増えません。
- 単価の見直しは、増えた負担の範囲で、協議によって、次の契約期間から行うのが原則です。発注後の減額や一方的な通告は違反になり得ます。
- インボイス登録をしたフリーランスは2027年から税負担が増えるため、値上げの申入れへの対応も準備しておく必要があります。
弁護士・社労士への相談はこちら
当協会の代表理事・中野秀俊は、弁護士・社会保険労務士として、グローウィル国際法律事務所とグローウィル社会保険労務士事務所の代表を務めています。フリーランス・協力会社との単価の見直しや契約書の整備を、フリーランス法・取適法の観点から支援しています（税額の計算は、顧問税理士の先生と連携して進めることをお勧めします）。